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真空系统主要包括真空泵和真空柱两部分。

真空柱是一个密封的柱形容器。

真空泵用来在真空柱内产生真空。有机械泵、油扩散泵以及涡轮分子泵三大类，机械泵加油扩散泵的组合可以满足配置钨枪的扫描电镜的真空要求，但对于装置了场致发射枪或六硼化镧枪的扫描电镜,则需要机械泵加涡轮分子泵的组合。成象系统和电子束系统均内置在真空柱中。真空柱底端即为右图所示的密封室，用于放置样品。之所以要用真空，主要基于以下两点原因:电子束系统中的灯丝在普通大气中会迅速氧化而失效，所以除了在使用扫描电镜时需要用真空以外，平时还需要以纯氮气或惰性气体充满整个真空柱。
为了增大电子的平均自由程，从而使得用于成象的电子更多。
电子经过一系列电磁透镜成束后，打到样品上与样品相互作用，会产生次级电子、背散射电子、欧革电子以及X射线等一系列信号。所以需要不同的探测器譬如次级电子探测器、X射线能谱分析仪等来区分这些信号以获得所需要的信息。虽然X射线信号不能用于成象，但习惯上，仍然将X射线分析系统划分到成象系统中。
有些探测器造价昂贵，比如Robinsons式背散射电子探测器，这时，可以使用次级电子探测器代替，但需要设定一个偏压电场以筛除次级电子

一般情况下，大众理解的校准，指的是某类仪器到一定周期，或者是数据不太了，需要进行一个校准，在仪器失准情况下，进行校正修理。但是这种理解，跟计量行业的校准是有一定区别的。
计量行业的校准，是指在相关规定、流程下，对其仪器进行数据测量检测，并得到和该仪器规定的标准值之间，存在的误差值和关系的过程。
在计量行业中，校准的定义是只包括校准检测的工作，没有对仪器出现的问题进行修理校正的工作。
因此，很多时候产生误会的点就在这里，很多不了解行业详情的人，以为仪器交给校准机构进行校准，除了能得到校准数据，机构还会对仪器进行修理。实际上，一般校准机构只负责检测仪器数据是否失准，如果失准需要进行修理，需要询问校准机构是否可以做修理。