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柠檬酸根离子会与金属阳离子形成络合物。由于螯合作用，形成这些络合物的稳定常数相当大。因此，它甚至能与碱金属阳离子形成络合物。然而，当使用全部三个羧基形成螯合络合物时，会形成7元或8元螯合环，在热力学上通常不如较小的螯合环稳定。因此，羟基可以去质子化，形成更稳定的五元环的一部分，如柠檬酸铁铵（NH4）5Fe(C6H4O7)2·2H2O。 [7]
酯化反应：
柠檬酸可在其三个羧酸基团中的一个或多个基团上进行酯化，形成各种单酯、二酯、三酯和混合酯中的任何一种。如下图所示：

柠檬酸盐可被运出线粒体并进入细胞质，然后分解为乙酰-CoA（用于脂肪酸合成）和草酰乙酸。柠檬酸盐是这种转化的正向调节剂，并对乙酰-CoA 羧化酶进行异构调节，而乙酰-CoA 羧化酶是乙酰-CoA 转化为丙二酰-CoA（脂肪酸合成的步）的调节酶。简而言之，柠檬酸盐被运输到细胞质中，转化为乙酰-CoA，然后由乙酰-CoA 羧化酶转化为丙二酰-CoA，而乙酰-CoA 羧化酶受柠檬酸盐的异构调节。
除此之外，柠檬酸盐是骨骼的重要组成部分，有助于调节磷灰石晶体的大小

净化多在色谱柱上进行，脱色炭是GH-15颗粒炭，离子树脂是阴、阳树脂。柠檬酸净化液的浓度仅20%~25%，只有浓缩到70%以上才能进行结晶。浓缩时温度不能过高，以免柠檬酸分解，净化液的浓缩可在负压下进行，为了节能，可采用双效或三效蒸发器。浓缩分2段进行，第1次浓缩后，放入沉降槽中保温沉降，再除去大部分石膏；第2次浓缩液含柠檬酸约80%，及时放料结晶。第2次浓缩可用升降式或括板式蒸发器，以减少料液和热媒的接触时间，可提高产品质量。结晶方式不同可得不同产品，一水柠檬酸的结晶是将80%溶液，温度在55 ℃时，在结晶器中搅拌下自然冷却，当温度降至40 ℃时，加入晶种，开始结晶，控制温度不超过36 ℃，此时产品为一水柠檬酸；如果溶液在60 ℃条件下浓缩到83%，冷却至46 ℃加入晶种，维持温度在40~60 ℃慢慢结晶，终降到38 ℃，产品为无水柠檬酸。晶膏分密离心得结晶状的商品