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扫描电镜可以分析金属材料表面磨损,腐蚀和形变(例如多晶位错与滑移)情况; 观察金属材料的断口形貌,揭示其断裂机理(解理断裂,准解理断裂,韧窝断裂,沿晶断裂,疲劳断裂); 钢铁产品质量与缺陷分析(例如气泡、显微裂纹、显微缩孔等)

扫描电镜主要应用于对样品微区形貌,结构与组成进行观察与分析。它以分辨率高,景深好和操作简单而被广泛应用与材料学,物理学,化学,生物学,考古学,地矿学和微电子工业

扫描电镜可以研究岩土组成,构造和坚固性。可用来观测宇宙尘,陨石及月岩等的形态特征,构造,以便对推断其成因和认识宁宙提供了有效资料;可以对古微生物化石形态,排列方式进行研究,对测定地质年代及地层形成古地理环境等提供数据。

扫描电镜结合能谱可以对出土的文物进行无损的显微结构分析和化学成分鉴定。它可对金币、银币和铜币表面进行分析,确定其金、银和铜纯度及含量,为分析当时的铸造工艺提供证据;可分析古字画、窑胎釉所用颜料的种类和配比。为进一步判断其来源和破解制备工艺提供参考;可分析织物,判定织物材质,织法工艺,为织物的保护和修复提供有力帮助

扫描电镜的焦深比透射电子显微镜大10倍,比光学显微镜大数百倍。由于图像景深大,因此扫描得出的电子像富有立体感,具有三维形态。相较于其他显微镜,能够提供更多的信息。

扫描电镜可粗略分为镜体和电源电路系统两部分。镜体部分由电子光学系统、信号收集和显示系统以及真空抽气系统组成。

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