冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
装货前预冷过集装箱，那么在打开柜门准备装货的时候，外界高温度，湿度的空气将会大量地进入柜内与里面的低温的空气汇合，导致凝结大量的水珠在集装箱内壁上，这些水珠不仅会滴到货物的外包装上影响外包装的美观，而且会影响集装箱制冷系统的运转，对货物品质带来不利影响。因为这些冷凝出来的水份由集装箱制冷系统中的蒸发器来排除，而这些冷凝出来的水份经过蒸发器盘管时就会结冰、这将使得制冷系统进行一次短暂的除霜过程。
在进出口冷藏货物装箱的时候不要预冷集装箱，这种情况高温地区及夏天高温季节装箱时更要着重注意，好的方法是预冷货物，然后将货物从冷库以及冷藏集装箱两者中隔热通道迅速装载进集装箱。