对于腐植酸钠的化学结构仍然存在争论，一种观点认为芳香族结构的物质占主导地位，另一种观点则认为脂肪族结构的物质占主导地位。引起争议的原因是多方面的，比如腐植酸的来源、提取方法、纯化和分析方法等众多的因素。
工业上，是有效的粘结剂、增塑剂、表面活性剂，可作为石油钻井液处理机、型煤粘结剂、铅蓄电池阴极添加剂、重金属吸附剂、陶瓷增强剂等，在医药上，是药物和保健制剂，具有、、、促进微循环、抑制肿瘤、降低血压等作用。
腐植酸阳离子交换量大，有较强的吸附缓冲性和螯合能力，可提高土壤中的养分利用率，缓冲酸碱危害等作用。腐植酸是有机大分子胶体，具有很强的吸水、蓄水功能，粘土颗粒吸水率一般为50%-60%，而腐植酸类物质的吸水率可达500%-600%，所以，使用腐植酸类肥料有利于改善土壤水分状况。