冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
为了避免冷藏集装箱内壁面产生凝结水，可采取如下措施：
1． 如果箱内湿度正常，则应设法提高隔热壁的内部热阻（减小K值），或设法减小内表面的对流热阻，以提高内壁面的温度t2，例如增加箱内空气流速。
2． 如果箱内空气湿度很大时，采用上述方法是无效的。这时，应该在内壁面增加防水层，以免水分渗入隔热壁内部。
至于隔热壁内部结露，主要是由于箱内外水蒸气的压力差和隔热壁的渗透性造成的。由于隔热壁两侧空气温度的不同，即使两侧空气的湿度相等，温度高的一侧空气的水蒸气分压力也比温度低的一侧大。这样会产生水蒸气分压力差，此时水蒸气将从水蒸气分压力高的一侧通过隔热壁向分压力较低的一侧渗透。
冷藏集装箱制冷系统的特点
用于冷藏集装箱的制冷系统应符合以下原则：
确保装运的易腐货物的运输质量符合托运人的相关要求。
制冷量在一定范围内连续调节。
箱内温湿度的控制可以达到一定的精度。
应进行适当的空气交换，以确保箱内的乙烯和二氧化碳浓度适当。
可自动检测并记录箱内的工况。
只要冷藏集装箱通电，集装箱内的空气可以冷却、加热或通风。陆上运输时，为了向冷藏集装箱的制冷装置持续供电，应使用带发电机的底盘卡车进行运输。通常，冷藏集装箱由码头堆场的陆上电源、集装箱船上的船舶电源和铁路上的发电机组供电。
在集装箱海陆联运中，为了有效发挥制冷的作用，要求冷藏集装箱的制冷装置在整个运输过程中能够自动启动，使集装箱内的温度保持在相同的温度。
冷藏集装箱促进食品冷链发展
冷藏集装箱可通过各种运输方式用于多式联运。他们可以实现从原产地到销售点的“国与国”直接运输。在某些条件下，它们可以用作移动式冷库。使用时可整体吊装，装卸，运输成本相对较低。冷藏集装箱的应用在一定程度上可以促进食品冷链的发展。