冷藏集装箱的基本类型有保温集装箱、外置冷藏集装箱、内置冷藏集装箱、液氮和干冰冷藏集装箱、冷冻板冷藏集装箱等。冷藏集装箱运输冻结货物时，通常使用-18℃以下的温度。通常为英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃/h（空箱），但装运货物后，由于货物热容大，降温速度会大幅减速，可能需要15-16h才能达到设定温度要求。采购温度高的情况下，达到设定温度需要2-3d。
冷藏集装箱有外置式冷藏集装箱与内藏式冷藏集装箱两种。外置式冷藏集装箱没有冷冻设备，只有隔热结构，即在集装箱前壁设 有冷气吸入口和排气口，箱子装在舱内，由船舶的冷气袋供应冷气。冷气从底面吹到上面，使内部温度保持不变，长时间航行时, 比内藏式发生故障少。此箱适合于海上运输，气温在40°C时，箱内仍可保持零下25°C。由于未安装冷机，箱内容积较大，自重也 减轻，可以多装货物。此集装箱的缺点：由于船舶装冷气机，要增加投资；因舱内安装了套管而减少舱容；集装箱在陆地上保管困难。
内藏式冷藏集装箱是在隔热结构集装箱内安装冷冻机，无论在 船上、码头、陆运中，只要供给电源，箱内即可保持果蔬运输所需 温度。内藏式冷集装箱目前都采用自动调节温度，一般保持在零下 28°C的温度范围，所以应用较为广泛，效果也佳。