覆膜发酵也叫一次发酵，过程包括升温期、高温期、降温期。堆肥过程中，通过鼻闻判断堆肥发酵进行情况，若产生酸、臭等过度刺鼻气味，需及时调整含水量，使其发酵良好。
启动设备；温度、氧气浓度等传感器插入堆体中，连接控制系统。根据设备使用要求，启动堆肥机。若膜无法鼓起，需要查找相应原因，若膜鼓起时间较长，需通风20~24h。
建堆
将混匀的物料按梯形建堆，堆体上部宽度一般不低于堆体底部宽度的2/3，堆体底部宽度为发酵区设计宽度，堆体高度一般宜为1.2m~1.8m。布料时应物料均匀、松散，防止出现物料厚度不一致、含水率不均等情况。注：为了气体均匀分布，堆体物料前后、两侧物料布满，防止出现三角形堆体或者高低差异较大堆体；建堆时间不超过2天。
以200立方米堆体为例，通过铲车将混合好物料运至发酵区，建堆，高度、宽度应根据物料种类、特性、堆肥季节等进行适当调整，高一般不低于1.8m，宽6.0m。布料时应物料均匀、松散。
覆膜；将纳米膜完全覆盖在堆体上，利用压边袋或其它方式压实纳米膜边缘，保持边缘不漏气。注：在堆肥发酵前7天保持边缘不漏气，待发酵后期（堆肥12-20天）无臭味、温度较高时，延长通风时间，可以根据情况，适当放气膜处理鼓起紧绷状态，跑水。