与普通生活污水相比，医疗污水的排放更加复杂。医疗污水来源和成分复杂，含有病原微生物、有毒有害的理化污染物和放射性污染，具有空间污染、急性感染和潜伏感染的特点。如果得不到有效的治疗，它将成为流行病传播的重要途径，并严重污染环境。
通常情况下，医院污水需要集中收集，经医院内部的医疗污水处理系统处理消毒后，流入城市污水管网，再经污水处理厂处理后可作为终水排放。其中，医疗污水处理的过程包括网格处理(剥离颗粒较大的杂物，如石块、塑料袋等。)、生化处理(好氧部分)和厌氧处理(厌氧部分，好氧和厌氧过程均可达到有效杀菌)，之后进行24小时沉淀处理，加药消毒(此阶段一般使用活性氧消毒粉)，从而监测COD、BOD等相关指标的达标情况。另外，在集中处理之前，医疗污水是通过的管道收集的，这个过程一般是封闭的。
实验室污水处理流程大致分为三个主要步骤，包括预处理，主要处理和二次处理。
1、是预处理，它旨在去除进入处理过程的大颗粒物和沉淀物。这些物质通常来自于实验室中的悬浮固体物质，比如细胞，细菌等。预处理可以采用镜像过滤，离心等方式。
2、是主要处理，主要处理的目标是去除水中的有机物质、氮和磷盐等污染物。这一步骤的实现通常采用生物处理方式，也就是通过微生物将污染物质分解掉，通常会使用生物滤池或污泥法系统来处理。
3、是二次处理，其目的是去除在主要处理中没有被去除的残余污染物，这需要进一步处理。例如，用深度过滤技术将污染物在化学过滤和膜过滤中去除。
医疗污水处理工艺选择的原则：
a、传染病医院采用二级处理，并需进行预消毒处理。
b、处理出水排入自然水体的县及县以上医院采用二级处理。
c、处理出水排入城市下水道的综合医院推荐采用二级处理，对采用处理工艺的加强处理效果。
d、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的处理。
实验室废水处理是专为中、小型实验室而设计、开发的组合型自动废水处理设备，其集的PH自控仪、反应槽、投药组件一体，形成一个完整的废水处理系统。用户只需接上进、出水管,插上电源即能投入使用，无需复杂的工程性施工。合理的组合设计使得设备既便于操作，又节省场地，自动监测、自动投药功能了废水的处理效果，同时又使药品的耗量和人力的需求降低到较底限度，本产品应用于各行业含重金属、酸碱、高有机物、微生物混合的综合废水的处理。
吸附法
用活性炭硅藻土矾土层片状织物聚丙烯聚酯片氨基甲酸乙酯泡沫塑料稻草屑及锯末之类能良好吸附溶剂的物质使其充分吸附后与吸附剂一起焚烧。