硫自养反硝化中硫形态的硫自养反硝化多应用于深度脱氮领域，硫代硫酸钠
Na2S2O3为电子供体具有溶解度高、传质好、成本低等优点，且对系统的pH影响较小，被大量研究证明是效果好的硫源，以Na2S2O3为硫源的反硝化方程式如下所示。
0.844S2O32-+NO3-+0.347CO2+0.086HCO3-+0.0086NH4++0.434H2O→
1.689SO42-+0.500N2+0.086C5H7O2N+0.697H+
硫自养反硝化的优点
1、无需投加碳源，节省了碳源的消耗；
2、填料自身消耗，无需更换，直接投加；
3、无碳源穿透的问题，防止出水COD升高！
硫自养反硝化反应多为产酸反应，反应过程中pH变化较大，而微生物的适宜pH区间较小，pH的变化会对系统的脱氮效率产生较大的影响。车轩等研究发现脱氮硫杆菌生长的适pH为6.8~7.0，李天昕等发现S/石灰石滤柱在pH=7.0时系统有大的TN去除率，Liu等研究发现在pH小于6.7时，系统的比反硝化速率会快速下降。因此，硫自养反硝化的适pH值约为7.0。
硫自养反硝化过程中产生了H+，导致pH降低，但脱氮硫杆菌自养反硝化过程的佳pH为6.8~7。因此环境中需要有一定的碱度，与产生的H+发生反应以便维持中性环境。此外，自养反硝化过程需要无机碳合成细菌细胞，故加入石灰石，既为细菌生长提供了无机碳，又维持了pH中性环境。石灰石主要成分是碳酸钙，其分子式为CaCO3，分子量为100.09，熔点为1339℃，相对密度为2.93g/cm3。白色粉末，无臭无味，放置在空气中不发生反应。几乎不溶于水，可和酸性液体会发生中和反应。碳酸钙经过高温灼烧可生成氧化钙，分子式为CaO。氧化钙吸收水分后生成氢氧化钙，分子式为Ca(OH)2，氢氧化钙微溶于水，会吸收空气中的二氧化碳生成碳酸钙。
碳酸钙在有水分存在时呈弱碱性，能和酸性物质发生中和反应。碳酸钙在有二氧化碳和水存在的情况下水解生成碳酸氢钙。碳酸氢钙易溶于水，溶液呈弱碱性，并具有一定的缓冲作用。石灰石投入酸性溶液中会发生一定的中和反应，使得一部分钙离子以游离的形式进入溶液。当溶液中存在硫酸根时会生成硫酸钙沉淀，去除硫酸根污染。