产品管理机构
USDA负责管理美国产品的立法、认证认可、处罚和国际合作，具体由其农产品市场司（Agricaltural Marketing Service，AMS）下设的NOP负责，内设三个处：标准处、认可和国际合作处、监督处，分别负责机构批准（认可）、投诉处理、案件调查、实施处罚、市场监测、法规、标准、投入物质列表（National List）的修订、法规标准的解释等。
USDA下设的国家有机标准理事会（National Organic Standard Board，NOSB）负责对有机标准的制定和修订提出建议。NOSB由15名成员组成：4名农场主代表、3名环保、3名消费者代表、2名加工者代表、1名零售商代表、1名科学家（生态学、化学、毒理学）代表和1名USDA认可机构的代表。NOSB下设6个分理事会：种植作物分理事会、畜禽分理事会、有机操作分理事会、投入物质管理分理事会、认证认可和合格评定分理事会、政策建议分理事会。
有机标识的使用
有机标识包括两部分：在产品标签上标注“有机”字样和（或）使用美国农业部统一的圆形有机标签（带有USDA和Organic字样）。美国联邦法规第七章205款D部分规定了有机标识的使用要求。只有通过认证的产品才能使用有机标识（年销售收入5000美元以下的有机农场除外），并在产品标签上说明实施有机认证的机构名称。
USDA有机标签
1.“有机”(100 percent Organic)
要求产品所含成分全部通过有机认证，并在成分表中按含量从高到低列出所有成分，可以使用USDA有机标签。
2. “有机”(Organic)
要求产品中95%以上成分通过有机认证，而其他成分在“投入物质列表”中（水和盐除外），成分表中明确写明哪些成分是有机的，如“有机茴香”，或通过在产品后面加注星号等符号表示，可以使用USDA有机标签。
3. “有机制品”（Made with Organic）
要求产品中70%以上成分通过有机认证，而其他成分不要求是产品，但不能包含使用转基因、电离辐射等禁止方式生产的产品，其中的非农产品成分列入“投入物质列表”，不能使用USDA有机标签。
有机认证的实施
申请人向认证机构提交其产品管理体系文件、申请人信息、此前进行有机认证的情况（包括不符合项报告、整改行动、整改记录等）。认证机构在收到申请后进行文件审核和现场评审，如确认申请人能够完全符合有机法规要求或仅存在微小不符合项，认证机构将向申请人签发有机认证证书，并同时说明对微小不符合项的整改要求。对获得认证的产品，需每年进行一次现场复查评审。
美国有机认证的标准
土地标准：
任何土地如果生产作为“有机”产品销售、标识或宣传收获的作物，满足以下条件： (a) 按照§205.203至§205.206条款的标准进行耕作管理;
(b) 在农作物收获年内，没有使用过§ 205.105条款所列的禁用物质。
(c) 有明确界定的边界和缓冲带。
认证程序的特别问题
1、认证程序的一般问题，请参考“有机认证步骤简介”
2、应在现场检查之前提交并复审有机管理计划。并且每年应更新，每年要复审。
3、有机管理计划的任何有关改动例如：新的生产场所或地块，新作物，新肥料或农药、新原理供应商，新的加工食品配方，或者新标签，在使用前要递交给认证机构批准。
4、特别关注这样一个事实，经营者拿到被抽到的样品，要立刻告知他检验结果。
5、证书直到被撤销，暂停或交回都是有效的。如果一个经营者想要停止（暂时或永远地）NOP认证，应该正式地交回NOP证书。否则，CB暂停它。暂停认证只能由USDA恢复，而不是认证机构。
6、在建议暂停或建议撤销后，在暂停或撤销生效前客户有30天或者与认证机构达成
解决协议（有无第三方的居中调解均可），或者向USDA申诉。
7、为了只使用有效的NOP证书，遵守§ 205.504 (b) (5)。
8、申请者任何时候都可以取回您的证书。您将负责撤销期间所提供的服务费用(§ 205.402 c)。