医用污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。我国常用的消毒剂为液氯，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。
简易生化处理工艺的流程为“沼气净化池→消毒”。沼气净化池分为固液分离区、厌氧滤池和沉淀过滤区。三区的主要功能分别为去除悬浮固体，吸附胶体和溶解性物质，进一步去除和降解有机污染物，后通过沉淀和过滤单元去除剩余悬浮物和降解有机污染物，出水质量。所产生沼气根据气量大小作不同的处理，当1m3污泥制取沼气达15m3以上时，收集利用；当1m3污泥制取沼气不足15m3时，收集燃烧处理。 沼气净化池利用厌氧消化原理进行固体有机物降解。沼气净化池的处理效率优于腐化池和沼气池，造价低、动力消耗低，管理简单。 作为对于边远山区、经济欠发达地区医用处理的过渡措施，逐步实现二级处理或加强处理效果的处理。
根据国家环保总局的有关规定（国家环保总局.医院污水处理技术指南.2003.12（环发（2003）197号 ），将各类医院按性质分为综合医院和传染病医院两类，与卫生系统对医院及医疗机构的划分方法有差别。其中传染病医院指传染性疾病专科医院和带传染病房的综合医院，综合医院为不带传染病房的综合医院和各类非传染性疾病的专科医院。医院污水净化包括综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医院和专科医院（传染病医院（包括结核病院）、心血管病医院、肿瘤医院、口腔医院、妇产科医院和精神病医院等等）各类医院污水的处理，同时也包括疗养院、康复医院等其它医疗机构和兽医院的污水处理工程。