有些强化剂不稳定，如维生素c及氨基酸等遇光、热等易被氧化，被破坏损失；而有些强化剂会与食品中的其他成分结合，导致强化剂的损失。因此应选择合适添加方法和强化载体，采取合理的强化措施以强化的有效性和稳定性。
尽量选择容易被人体吸收的营养强化剂，尽量避免使用难溶的、难以吸收或易被食物影响吸收率的强化剂。有些无机盐和维生素容易在食物中相互作用而被破坏或因水洗而损失，因此所加入的营养素应和原有食物无干扰作用，如铁就可食物中的某些单酸、酯酰形成沉淀。
添加的营养素不应对食品的特性，如安全性、色、香、味、质构、烹调性质等产生不良影响，也不得过分缩短食品的货架寿命。