2010年，江苏省地质工程勘察院又引入了GB/T24001-2004环境管理体系和B/T28001-2001职业健康安全体系，完成国“三标一体化”，于2010年12月颁布实施D版三体系管理文件，2012年10月颁布E版三体系管理文件。我院自1997年建立质量体系以来，至今已满二十年，
江苏省地质工程勘察院根据国际/国家标准的变迁以及我院因内部管理需要进行的调整，我院的体系文件经数历了数次升级换版，在院领导层及全体员工的共同努力下，从院管理方针和管理目标出发，将目标在相关层次上分解、展开、落实，各部门的岗位职责不断补充细化，改进机制能够不断完善，体系管理得到了持续有效地运行，全员质量、环境和安全意识不断增强，管理水平不断提高，产品质量和生产安全得到了充分，成效显著。项目管理上增强项目创优意识，并引入“工序管理”，强化了过程管理和记录控制，每年都有数项成果获得省（部）、市（局）级的奖项。
江苏省地质工程勘察院1992年通过江苏省质量技术监督局实验室计量认证，2000年2月获南京市质量认证工作单位，2002～2003年度获江苏省思想政治工作单位，2005～2006 年度获江苏省精神文明建设工作单位称号。2007年7月通过江苏省质量技术监督局实验室资质认定评审，2007年获全国勘察与岩土行业诚信单位，2008 年1 月通过国家实验室认可评审， 2009、2011 、2013、2015、2017年获江苏省质量管理单位，2013年获江苏省文明单位，2013年首批获得南京市勘察设计A类企业，2015年获批“重合同、守信用”企业，并连年被评为AAA资信企业。