减少运营费用，降低运输成本。货损、货差大为减少，货物保险费也随之下降；开展“门到门”运输业务后，可大量节省仓库的建造费用和仓库作业费用等。
集装箱运输的管理方法和工作体系与传统运输方式不同，其主要的关系方有集装箱运输经营人、无船承运人(NVOCC)、实际承运人、集装箱租赁公司、集装箱码头（堆场）和货运站。
掌握运输工具、并参与集装箱运输的承运人。通常他们拥有大量的集装箱，以利于集装箱的周转、调拨、管理以及集装箱与车船机的衔接。
是处理拼箱货的场所，它办理拼箱货的交接、配箱积载后，将箱子送往CY，并接受CY交来的进口货箱、进行拆箱、理货、保管，后拨交给各收货人。同时也可按承运人的委托进行铅封和签发场站收据等业务。
减少货损货差，提高货运质量。由于集装箱是一个坚固密封的箱体，集装箱本身就是一个坚固的包装。货物装箱并铅封后，途中无须拆箱倒载，一票到底，即使经过长途运输或多次换装，不易损坏箱内货物。集装箱运输可减少被盗、潮湿、污损等引起的货损和货差，并且由于货损货差率的降低，减少了社会财富的浪费，也具有很大的社会效益。
由于集装箱装卸效率很高，受气候影响小，船舶在港停留时间大大缩短，因而船舶航次时间缩短，船舶周转加快，航行率大大提高，船舶生产效率随之提高，从而，提高了船舶运输能力，在不增加船舶艘数的情况，可完成更多的运量，增加船公司收入，这样率导致益。
集装箱运输中的港口的投资也相当大。集装箱泊位的码头设施包括码头岸线和、货场、货运站、维修车间、控制塔、门房，以及集装箱装卸机械等，耗资。
集装箱运输涉及面广、环节多、影响大，是一个复杂的运输系统工程。集装箱运输系统包括海运、陆运、空运、港口、货运站以及与集装箱运输有关的海关、商检、船舶代理公司、货运代理公司等单位和部门。如果互相配合不当，就会影响整个运输系统功能的发挥，如果某一环节失误，必将影响全局，甚至导致运输生产停顿和中断。因此，要求搞好整个运输系统各环节、各部门之间的高度协作。
整箱货物运输。接取送达作业是以“箱”为单位的，其装箱与拆箱作业由货主负责自理，货主自行施封，铅封上注明发货人、发货点及施封日期等，并在箱门把手上拴挂货物标记，标记应注明起讫地点，发收货人等内容。集装箱运输过程中，凭铅封进行交接。