生物燃料的发展瓶颈尽管生物燃料已在世界各个领域得到应用，但目前还没有成为国际能源的主力军。主要原因是以下限制。原材料来源不稳定。由于多种原因，厨房废油和木本油料作物作为原料来源不稳定。
即所有转化过程将不可避免地导致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果炼油后的废渣，特别是炼油废油的废渣处理不当，也会造成污染，治理污染的成本终会增加到成品油的价格中。
为什么微囊藻有如此高的脂比？答案在于其特的碳封存能力。光合作用是自然界生物固碳的基础。地球上每分钟大约有300万吨二氧化碳和110万吨水可以通过光合作用转化为200万吨有机物，同时可以释放210万吨氧气。
然而，目前微藻生物柴油的生产成本仍然很高，这是制约其商业化生产的瓶颈。除了继续开发具有优良产油性能的藻类外，还实现微藻生产的综合利用。例如，从微藻中获得高附加值产品，如DHA、类胡萝卜素和活性多糖，并将废弃海藻残渣用作水产养殖的诱饵。
闪点（指示易燃液体性质的指标之一）低于28.1°C的为I类易燃液体，非常易燃且易挥发，如汽油；闪点为28.145°C的II类易燃液体容易燃烧和挥发，如煤油、松节油等。什么是闪点？什么是燃点？闪点是指在规定的条件下，液体挥发出的蒸汽与空气形成混合物，在有点火源的情况下，液体能够闪现的低温度。
闪点和燃油都是温度值。植物油燃料的闪点相对较低。常温下，其闪点约为100。因此，没有的燃烧设备或点火器，在普通环境中无法产生能量释放。随着各行各业的不断发展，人们越来越重视环境保护。使该行业绿色环保。