在集装箱海陆联运中，为了有效发挥制冷的作用，要求冷藏集装箱的制冷装置在整个运输过程中能够自动启动，使集装箱内的温度保持在相同的温度。
在冷藏装置的操作期间，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度，货物温度，通风装置新鲜空气的数量以及货物的湿度等。制冷装置会定期进入除霜状态，由一系列的电加热装置产生热量或者向蒸发器盘管吹入热气。所有的风扇在此时会停止转动以防热气进入货舱。然而， 由于回风温度感应器位置接近制冷装置，此种温度升高可能会被记录下来。因此，除非经数据记录软件处理，否则温度记录将会呈现与除霜间隔时间一致的周期性温度升高。如果除霜期间短暂，每小时的温度读数和除霜期间可能会有一定出入。
二手冷藏集装箱的冷藏制冷能力有限，主要用于保持货物温度。也是说，人们把-20℃的货物装进去，它能保持货物在-20℃，地运送到目的地；人们把5℃的货物装进去，它能保持货物在5℃下地运送到目的地。如果把常温下（20℃）的货物，直接装箱并要求它冷冻到-20℃，将无法实现。因此，货物在装入二手冷藏集装箱之前需先降温到温度。