冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
多货主在出口冷藏货物装箱的时候，会将冷藏集装箱预冷到设定温度，这种做法其实有可能会对货物和集装箱两者带来不良影响，是不科学的做法，会因此不能的集装箱冷藏（冻）运输。
在进出口冷藏货物装箱的时候不要预冷集装箱，这种情况高温地区及夏天高温季节装箱时更要着重注意，好的方法是预冷货物，然后将货物从冷库以及冷藏集装箱两者中隔热通道迅速装载进集装箱。