硝酸根离子在芽孢杆菌作用下,经亚硝酸根离子,一氧化氮,一氧化二氮被还原为氮气,即芽孢杆菌是好氧菌和兼性厌氧菌,以分子氧为载体,在供氧不充分的时间与空间,可以利用硝酸盐为终电子载体产生氮氧化合和氮气,而起反硝化作用,将硝酸盐移出系统外,提高pH。
枯草芽孢杆菌作为水产微生物饲料添加剂的菌株，在生产中的应用比光合细菌、硝化细菌、乳酸菌等菌株晚。、
随着近几年在水产养殖中的应用实践，枯草芽孢杆菌类微生物饲料添加剂充分显示出以下几方面优势。
枯草芽孢杆菌稳定性好、抗性强，具有耐高温、耐酸碱、耐挤压等特点。
枯草芽孢杆菌在工业生产制粒过程中以及通过养殖动物酸性胃环境时均能保持高度稳定性。
芽孢一旦形成，便能耐受各种不利条件，如干热、湿热、紫外线、射线、强酸、强碱、有机溶剂、真空干燥、氧化作用等。
枯草芽胞杆菌的生物学性质与作用机理，枯草芽胞杆菌是一种短杆状、无荚膜能运动的革兰氏阳性细菌，能产生中生芽胞。
枯草芽孢杆菌在水产养殖中能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸改善水质，为单胞藻提供营养。抑制有害藻类及病原微生物繁殖，增加水体活力。同时能降解有毒物质，净化养殖环境。但在使用过程中需要注意以下下几个事项：
1.使用时不要与消毒及抗菌药物一起使用，养殖水处理时注意增氧。
2.枯草芽孢杆菌的用量并非越多效果就越好，适当添加可以增加水体活力，养殖动物的正常活动，过量使用却会导致水体缺氧。
3.枯草芽孢杆菌并不能对所有病害起到防治作用，平时要密切关注水体状况和养殖动物的活动情况，加强日常管理。
4.枯草芽孢杆菌使用前好先活化，然后再使用。这是因为芽孢杆菌粉剂中的芽孢一般以芽孢和营养体两种形式存在，活化是为了让芽孢休眠体快速萌发为营养体，同时促进细菌增殖，提高活菌数。一般建议用30℃左右的温水加红糖活化2、3小时。这样活化后的枯草芽孢投入水体后能迅速增殖，分解大量有机质。
枯草芽孢杆菌在改善水质方面的应用
长时间养殖会使养殖水体底部积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体(氨、硫化氢等)，这些物质往往导致水质败坏，使水产动物受到毒害。研究发现，养殖水体中的某些有益微生物的代谢具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能将上述有机物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等。这样既能在不中断养殖过程中及时有效地清除有害物质、净化水质，又能为单细胞藻类的繁殖提供营养物质，促进藻类繁殖。这些藻类的光合作用，又为池内养殖动物的呼吸、有机物的分解提供氧气，从而形成一个良性的生态循环，有利于水产养殖动物的生长。同时由于这些有益微生物的大量繁殖，在池内形成优势种群，可抑制病原微生物的繁殖，减少病害发生。
枯草芽孢杆菌的使用方法
枯草芽孢杆菌净化水质，好在上午9～11点左右有太阳时开始使用，使用后开增氧机或撒增氧片，水温在25度以上为宜，水温太低的话，效果不怎么好。建议不低于15度水温使用。
枯草芽孢杆菌是耗氧菌，使用时需要增氧，开增氧机或洒增氧剂都可以，淡水养殖如果没有增氧设备，添加量要求减少。使用前好活化一下，具体是：枯草芽孢杆菌：红糖：水按1：0.5：20左右的比例浸泡2小时以上后使用，浸泡过程如能打氧效果更佳。塘底淤泥较多的塘可以加量使用。再次强调，使用时一定要增氧，否则可能会出现水产动物因为缺氧死掉，一般7～10左右可以使用一次。高密度养殖的可以加量使用。