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研发费用加计扣除的数额与企业发生的研发费用不相同。 高新技术认定通过享受税收的优惠政策，而研发费用的认定依据依据科技部、财政部、国家税务总局发部的《高新技术企业认定工作指引》（以下简称《指引》）而定的。当企业享受加计扣除优惠政策的认定时，依据的是国家税务总局《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（以下简称《办法》），虽然两者的认定与划分研发费用的依据前提是相同的，可是适用的情况又是不同的，不能混为一谈，二者研发费用的认定口径不一致，但是终的原则并不冲突。
例如在折旧费用中，明确规定房屋折旧费是不纳入研发费用加计扣除范畴。在直接投入费用中，房屋租赁费不得纳入研发费用加计扣除范畴，特别要关注的是其他相关费用的范畴，在会计口经，高新审计口经和研发费用专项审计口经中，研发费用专项审计口经规定的为明细，例如软件企业的服务器租赁费，需要放在在直接投入费用中的第八项“通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费”中，如此细致的规定主要是为了引导企业更好的利用该政策去进行研发投入，一定要注意区分非研发人员相关的费用不可计入此项。