微生物蛋白饲料的发酵方法发酵即通过微生物的代谢活动对原料中的有机物进行分解和转化的过程。微生物蛋白饲料的发酵方式主要有固态发酵和液态发酵两种工艺体系。固态发酵是以气相为连续相的生物反应过程，是指在没有或几乎没有自由水存在的条件下，在有一定湿度的水不溶性固体基质中，用一种或几种微生物进行发酵的一个生物反应过程；液态发酵是以液相为连续相的生物反应过程。由于固态发酵具有产率高、周期短、能耗低等特点，因而日益受到重视。
生产蛋白饲料的关键是筛选和培养具有优良特性的菌种，理想的微生物菌种应具备下列条件：
（1）安全性好，活性强；
（2）能够利用多糖的混合物；
（3）能较好地同化基质碳源和无机氮源；
（4）能够深入到物料中，也能穿入基质细胞内；
（5）生长迅速，抗杂菌能力强，染菌概率小；
（6）可以在含水量低的基质中生长；
（7）能够耐受高浓度的营养盐；
（8）菌体本身蛋白质含量较高。通常采用的菌种为真菌、酵母菌和霉菌，如酿酒酵母、产朊假丝酵母、热带假丝酵母、米曲霉、黑曲霉、白地霉等。
现代微生物发酵多为纯种发酵，即用纯的单一菌落进行发酵，但是，在长期的实验和生产实践中，人们不断的发现许多重要生化过程是单株微生物不能完成或只能微弱地进行的，依靠两种或多种微生物共同培养来完成，即混合发酵。合的多种菌种，增加了发酵中许多基因的功能，通过不同代谢能力的组合，完成单个菌种难以完成的复杂代谢作用。如霉菌和酵母菌的混合培养，霉菌可分解纤维素和淀粉，而酵母菌主要利用糖原，菌群的协同作用提高了对底物的利用效率及产品的蛋白质含量和营养功能，达到了更好的发酵效果。
微生物易于变异，可通过各种物理、化学方法进行诱变，或采用基因重组技术对单细胞蛋白菌种进行遗传性状的改变，从而较易获得高产的突变株。
微生物饲料是以微生物、复合酶为生物饲料发酵剂菌种，将饲料原料转化为微生物菌体蛋白、生物活性小肽类氨基酸、微生物活性益生菌、复合酶制剂为一体生物发酵饲料。该产品能替代10%的谷物蛋白，改善饲料营养结构，大幅降低饲料成本，具有很高的经济效益。实验表明，利用微生物发酵饲料可以将饲料利用率提高至80%～85%。
我国饲用蛋白质资源匮乏以及非粮蛋白质资源利用率偏低，制约了畜牧业现代化进程，主要蛋白质饲料原料豆粕等长期依赖进口，成为制约我国饲料工业和畜牧业发展的瓶颈，随着我国蛋白饲料原料进口量的不断提高，蛋白饲料原料创新保障畜牧养殖业健康发展成为养殖业重要挑战，寻找和开发新的蛋白质资源成为饲料工业急需解决的问题，且伴随着饲料行业的迅速发展，饲料也逐渐向低药、低残留的趋势发展，生物发酵蛋白饲料的发展呈现一片生机，微生物发酵蛋白饲料能够使饲料中的大分子物质和营养物质分解转化为易消化、吸收和利用的小分子物质、小肽等，可溶性蛋白的增加，增加了蛋白的消化利用率，有效降解抗营养因子，提高了蛋白饲料的营养水平和利用效率，也间接增加了蛋白供给，缓解了蛋白饲料原料的供应不足，提高动物的生产性能。
植物蛋白来源广泛、供应稳定，价格远远低于动物蛋白和鱼粉，是良好鱼粉替代物。但由于其中抗营养因子的存在和氨基酸不平衡等因素，使得养殖对象的生理功能、肉质组分及生长率都会或多或少的受到影响。