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化石既然是生物的遗存，对其进行鉴定，要遵循生物分类的方法，这是研究生物的一种基本方法。生物分类主要是根据生物的相似程度（包括形态结构和生理功能等），把生物划分为种和属等不同的等级，并对每一类群的特征进行科学描述，以弄清不同类群之间的亲缘关系和进化关系。分类的依据是生物在形态结构和生理功能等方面的特征。分类系统是阶元系统，从大到小分为七个级别：界、门、纲、目、科、属、种（种是基本单元），亲缘关系接近的种划归为属，近缘的属归为科，科隶于目，目隶于纲，纲隶于门，门隶于界。这些单元的上下，还可以附加次生单元，如超纲、亚纲、亚目、超科、亚科等等。

比如下图这一块贵州的三叶虫（简称X）化石，之前已经有鉴定过，有莱德利基虫、宽背虫两种主要意见，照片大都不太清楚，只有一张尾部的还算不错，从张照片上能看到。X虫的尾部占身体的比例比较大，而莱德利基目的三叶虫，尾部都不太发育，所占身体比例也比较小。后来得到了更清楚的照片，发现尾部有一对长长的侧刺，光凭这个就能肯定，不是莱德利基虫目了，而且侧刺的这个特征，相信是一部分网友鉴定为宽背虫的原因，实际上我们看宽背虫的图片，它的长刺，并不是尾部上的，而是胸部的肋刺，宽背虫科的肋刺，从第四个胸节起，开始逐渐向后变粗变长。

地壳中保存的属于古地质年代的动物或植物的遗体、遗物或生物留下的痕迹叫化石。动物化石包括“肉质化石”和“骨质化石”。由于冰河运动、地壳变迁等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，经过亿万年的演变，生物硬体部才被保存下来。但躯体肉质软组织 (包括耳朵、内脏器官）演变为化石的可能性微乎其微，在自然环境下很容易被微生物腐蚀溶化，所以很难形成实体肉化石，因存世量少收藏价值。学者黄锦祥发现的“耳朵”化石，使我们清楚了解到地球上确实有“肉化石”存在，是人类自然科学史上的一次重大发现。