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化石既然是生物的遗存,对其进行鉴定,要遵循生物分类的方法,这是研究生物的一种基本方法。生物分类主要是根据生物的相似程度(包括形态结构和生理功能等),把生物划分为种和属等不同的等级,并对每一类群的特征进行科学描述,以弄清不同类群之间的亲缘关系和进化关系。分类的依据是生物在形态结构和生理功能等方面的特征。分类系统是阶元系统,从大到小分为七个级别:界、门、纲、目、科、属、种(种是基本单元),亲缘关系接近的种划归为属,近缘的属归为科,科隶于目,目隶于纲,纲隶于门,门隶于界。这些单元的上下,还可以附加次生单元,如超纲、亚纲、亚目、超科、亚科等等。
比如下图这一块贵州的三叶虫(简称X)化石,之前已经有鉴定过,有莱德利基虫、宽背虫两种主要意见,照片大都不太清楚,只有一张尾部的还算不错,从张照片上能看到。X虫的尾部占身体的比例比较大,而莱德利基目的三叶虫,尾部都不太发育,所占身体比例也比较小。后来得到了更清楚的照片,发现尾部有一对长长的侧刺,光凭这个就能肯定,不是莱德利基虫目了,而且侧刺的这个特征,相信是一部分网友鉴定为宽背虫的原因,实际上我们看宽背虫的图片,它的长刺,并不是尾部上的,而是胸部的肋刺,宽背虫科的肋刺,从第四个胸节起,开始逐渐向后变粗变长。
地壳中保存的属于古地质年代的动物或植物的遗体、遗物或生物留下的痕迹叫化石。动物化石包括“肉质化石”和“骨质化石”。由于冰河运动、地壳变迁等原因,地球生物被迅速埋藏于地下,经过亿万年的演变,生物硬体部才被保存下来。但躯体肉质软组织 (包括耳朵、内脏器官)演变为化石的可能性微乎其微,在自然环境下很容易被微生物腐蚀溶化,所以很难形成实体肉化石,因存世量少收藏价值。学者黄锦祥发现的“耳朵”化石,使我们清楚了解到地球上确实有“肉化石”存在,是人类自然科学史上的一次重大发现。