2016年1月29日，科技部、财政部、国家税务总局以国科发火〔2016〕32号印发修订后的《高新技术企业认定管理办法》。该《办法》分总则、组织与实施、认定条件与程序、监督管理、附则5章23条，由科技部、财政部、税务总局负责解释，自2016年1月1日起实施。2008年印发的《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号）予以废止。
1、由于材料比较繁杂，欲申请认定为高新技术企业，应尽量提早准备；
2、应按照《工作指引》的要求，仔细对照检查是否符合认定条件；
3、出具研发费用专项审计报告和高新技术产品（服务）收入专项审计报告时，注意选择经认定主管部门备案的会计师事务所，且研发项目和销售合同属于企业的主营业务领域。
4、所有提供的材料的证据提供足够的、有说服力的佐证材料，例如：知识产权证明的所有人是申请企业，在有效期内等。
（1）企业进行自我评价。企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，客观进行自我评价。认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记。
（2）进行网上注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构。认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业。
（3）企业提交认定申请。企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写“高新技术企业认定申请书”发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构。
（4）认定机构必要组织认定。认定机构收到企业完整的申请材料后，组织审查，提出认定意见，确定认定企业名单。
（5）公示和颁发认定证书。经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，报领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。