有些需要灭菌的材料不能受热，例如许多维生素溶液。因此，许多液体可以用过滤法来灭菌。过滤法不是将微生物杀死，而是把它们排除出去。过滤除菌采用两类器具，一类叫深层滤器，例如用烧结玻璃、不上釉的陶瓷颗粒或石棉压成的滤板等：另一类是滤膜。深层滤器已经使用了100年以上，有逐渐被滤膜取代的趋势，但因为大量沉淀物容易堵塞滤膜，所以一般先用深层滤器除去大的颗粒。 滤膜一般由醋酸纤维素、硝酸纤维素、多聚碳酸酯、聚偏氟乙烯等合成纤维材料制成。滤膜的孔径一般为0.2微米，它可以滤除绝大多数微生物的营养细胞。过滤法的大缺点是不能滤除病毒。 全办法主要用于气体、水、含有可溶性、不稳定物质的培养基、试验液体和液状医药品等。通常使用的过滤装置有膜过滤器，磁制过滤器、玻璃纤维过滤器等。
灭菌方法 1）耐热、耐湿的诊疗器械、器具和物品，应压力蒸汽灭菌；耐热的油剂类和干粉类应采用干热灭菌； 2）不耐热、耐湿的物品，宜采用低温灭菌方法如环氧乙烷灭菌、过氧化氢低温等离子体灭菌或低温蒸汽灭菌等； 3）物品表面消毒，宜考虑表面性质，光滑表面宜选择合适的消毒剂擦拭或紫外线消毒器近距离照射；多孔材料表面宜采用浸泡或喷雾消毒法。
公共环境消毒资质具体操作： 1、物理消毒。公共环境消毒资质证书包括蒸汽、煮沸、红外线等热力消毒方法。煮沸、蒸汽消毒：一百摄氏度作用二十分钟以上。可用于饮具、盆、毛巾、床上用棉织品的消毒。 2、干热消毒：公共环境消毒资质可使菌体蛋白氧化、变性、炭化和使电解质浓缩引起细胞中毒，干烤(电热、红外、微波)、烧灼、焚烧。 3、例:以 2450MH微波照射 5m]菌液，消毒资质证书作用 10 秒，当输出功率为 540W 时，只能杀灭大肠杆菌不能杀死枯黑芽胞，将输出功率加为850W时则可将枯黑芽胞杀灭。 4、多数消毒剂有腐蚀性，公共卫生消毒资质性质不稳定，使用时应注意，尤其气体消毒剂应防止有毒气体泄漏，液体消毒剂防止和对皮肤粘膜的伤害。 5、不明病疫源地的消毒:应根据流行病学指征确定消毒范用和对象，采取严格的消毒方法进行处理。