食品流通许可证，是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。
已废止，各地工商管理部门应不再办理发放新证。2015年11月10日，国家工商行政管理总局发布关于废止《流通环节食品安全监督管理办法》和《食品流通许可证管理办法》的决定（国家工商行政管理总局令第79号），决定废止《食品流通许可证管理办法》（2009年7月30日国家工商行政管理总局令第44号）。
国家工商总局也即将颁布《食品流通许可证管理办法》，对食品流通许可证的申请、受理、审核、发放、变更、注销以及许可证的管理等等，进行全面的规定。工商机关将依法履行食品流通主体准入管理职责，为食品经营管理者注册提供的服务。