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目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。

第二代改进型生态厕所, 在代的基础上，根据国情改进成型的，特征是粪尿分离，大便直入主机，进行生物处理；小便引出主机进入其它系统处理排放。

生态厕所不仅可以建成固定式的结构。另外由于其配套处理设施小巧，对外界的依赖除电力外，几乎没有，因此具有可移动的特点，是移动型和临时性厕所的。