菊粉分子约由31个β-D-呋喃果糖和12个吡喃菊糖残基聚合而成，果糖残基之间能通过β-2,1-键连接，是由D-果糖经β(1→2)糖苷键链接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖残基，聚合度（DP）为260。
菊粉在自然界中的分布广泛，不于植物，某些真菌和细菌中也含有菊粉。菊粉是除淀粉外植物的另一种能量储存形式，具有多种优良特性，如易溶于热水、在稀酸下易水解成果糖等。
短链菊粉含有较多的单糖和双糖，甜度较高，而长链菊粉则几乎没有甜味。当菊粉溶液浓度达到一定程度时，会形成凝胶，且凝胶粘度随温度的升高而降低。