菊粉的分子式一般表示为GFn，其中G代表终端葡萄糖单位，F代表果糖分子，n代表果糖的单位数。需要注意的是，由于菊粉是由多个果糖分子和少量葡萄糖分子通过糖苷键连接而成的多糖，因此其分子式并不固定，而是一个表示其组成结构的通式。
菊粉是一种天然存在的多糖类化合物，主要由D-果糖分子通过β(1→2)糖苷键连接而成，末端常带有一个葡萄糖残基。其聚合度（DP）范围广泛，从2到60不等，其中平均聚合度DP≤9的菊粉被称为短链菊粉。
菊粉在稀酸条件下易水解成果糖，也可被特定的酶（如菊粉酶）水解。此外，菊粉在形成凝胶方面具有特的性质，当溶液浓度达到一定比例时，可形成坚实且粘度随温度变化的凝胶。