目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
目前，化肥被大量施用以保持农林业高产。但是，随着化肥用量不断增加，土壤开始板结，化肥淋入地下水也将造成水污染。近年来，我国提倡有机农业，大量应用有机肥，达到保持作物产量的同时，保护土地和环境。畜禽粪便是有机肥重要来源，2016年我国仅养殖肉牛产生的牛粪就达到15万吨以上，为我国有机肥生产提供了充足的原料。另外，我国小麦历年种植面积为我耕种地总面积的22％～30％，产生大量小麦秸秆，秸秆为养殖业提供饲料，也为有机肥生产提供了丰富原料。但是，丰富的原料只是生产的基础，重要的是对这些原料的加工利用。其中关键的是有机肥原料的发酵腐熟技术不断发展与创新。
生物菌肥是一种由生物菌种（如细菌、真菌等）经过发酵或培养后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，这些微生物能够分解有机物质，提供植物所需的营养元素，并促进植物生长。 生物菌肥具有以下特点：
1. 提供多种养分：生物菌肥中含有丰富的有机质和微量元素，这些养分对植物生长发育至关重要。
2. 促进土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能够分解有机物质，释放出更多的养分，并促进土壤中其他微生物的繁殖和活动，改善土壤质地和结构。
3. 增强植物力：生物菌肥中的益生菌能够与植物形成共生关系，提高植物的抗病能力，减少病虫害的发生。
4. 环境友好：生物菌肥不含化学合成的肥料成分，对环境污染较小，使用后不会对土壤和水体造成负面影响。
生物菌肥的应用范围广泛，可以用于农田、果园、花卉、蔬菜等各类植物的生产中。它能够改善土壤质量，提高作物产量和品质，降低化肥使用量，减少农业对环境的负面影响。同时，生物菌肥还可以用于土壤修复和废弃物处理等领域，具有很高的应用前景和市场潜力。
微生物菌肥，富含多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等高能量物质以及钾、钙、镁、磷、硫、铁、锌、硼、硒、硅、锰、钼等矿物元素。通过提高作物叶片中叶绿素的含量达到营养复壮、提质增产的效果，通过提高作物体内的酶活性达到、抗逆性的作用；多种有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透气性，提高土壤中有机质的利用率，通过生物菌的固氮、固碳功能为作物补充营养。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能