生物有机肥是一种细菌肥料，由具有特定功能的微生物，以及主要来源于动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)的有机物质组成。)并进行无害化处理和分解。在商业化生产过程中，主要是利用微生物的发酵和分解，从而达到充分分解和灭菌的目的。
有机肥料也被称为“农家肥”。任何由有机材料（包括碳化物）制成的肥料都被称为有机肥料。主要有：人粪尿、粪肥、堆肥、绿肥、饼肥、沼气肥等，具有品种多、来源广、肥效持久的优点。有机肥料含有许多不易被作物吸收的有机物质。通过微生物的影响，各种养分可以缓慢释放，为农作物提供无穷无尽的养分。有机肥可以通过调节水、肥、气、热来调节土壤结构，提高土壤肥力，增加耕地产量。
通常分为动物性有机肥和植物性有机肥。动物性有机肥包括人粪尿，禽畜类的羽毛蹄角和骨粉，鱼、肉、蛋类的废弃物等。植物性有机肥包括豆饼及其他饼肥、芝麻酱渣、杂草、树叶、绿肥、中草药渣、酒糟等。这两类肥料均为迟效性肥料，养分较全，肥效较长，使用前经过发酵腐熟后方能施用。