只要冷藏集装箱通电，集装箱内的空气可以冷却、加热或通风。陆上运输时，为了向冷藏集装箱的制冷装置持续供电，应使用带发电机的底盘卡车进行运输。通常，冷藏集装箱由码头堆场的陆上电源、集装箱船上的船舶电源和铁路上的发电机组供电。
在冷藏装置的操作期间，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度，货物温度，通风装置新鲜空气的数量以及货物的湿度等。制冷装置会定期进入除霜状态，由一系列的电加热装置产生热量或者向蒸发器盘管吹入热气。所有的风扇在此时会停止转动以防热气进入货舱。然而， 由于回风温度感应器位置接近制冷装置，此种温度升高可能会被记录下来。因此，除非经数据记录软件处理，否则温度记录将会呈现与除霜间隔时间一致的周期性温度升高。如果除霜期间短暂，每小时的温度读数和除霜期间可能会有一定出入。
冷藏集装箱的货物检查，在装箱之前应对冷藏水果和蔬菜的温度以及冷冻货物的中心温度进行检测。还应检查水果和蔬菜是否存在比如发霉、枯萎、脱水、萎蔫、褪色、软点、破皮和脱皮、擦伤、和发臭等冷藏前的损坏。对于冷冻货物还应检查其是否有脱水、干燥、移位、发臭、黑斑和颜色改变，以及是否有因温度升高解冻后又重新冷冻的迹象。还应检查纸箱、托盘和其他包装物状况是否良好，是否能够在整个海运过程中保护货物状况。