笔迹鉴定的原理是书写习惯本身具有特殊性和相对的稳定性。书写习惯的特定性表现在每个书写人的书写习惯体系是特定的，与其他人都不相同，一个人书写一定的文字手稿，在其反映出的书写动作、文字布局、书面语言三方面习惯中，有一部分习惯是很多人共有的，有一部分习惯是一部分人少有的、甚至是特有的，那些共有的、少有的、特有的书写习惯便构成各人书写习惯体系，是一习惯区别于另一习惯的本质。
笔迹鉴定的过程还会深入到单字或笔画单个特征的细微差别上，进行逐一比对；对于字迹繁多的检材，还会进行更为的统计分析，通过数学方法量化书写习惯的异同，辅助判断。
笔迹鉴定鉴定仅仅凭借肉眼与经验识别，也存在困难并很难形成说服力，尤其是在拍卖现场或研讨会上;现在行业内都通过辅助性的便携式视频显微镜来进行现场，在显微镜下一目了然，有经验的字画爱好者，根据这些信息，就可判断字画是否为真迹。