全过程一般可分3个阶段：
准备阶段
主要的工作包括：①路线踏查，统一调查技术，确定土壤调查的填图单元。②收集并阅读调查区内各种有关自然、社会经济、农业和土壤的资料和图件。③准备供调查填图时用的底图，通常选用大于成图比例尺的符合精度要求的地形图(或地形-地块图);也可用航片或卫片判读方法进行。④准备调查用的装备、工具和化学分析设备等。
野外作业阶段
按统一的调查技术要求进行以下工作：①依照技术规程要求，在规定的面积范围内挖掘具有代表性的土壤剖面,进行观察、描述、记载和比较,并采集供各种用途的土壤标本。②根据土壤剖面形态特征，确定土壤变异的界线和勾绘土壤草图。③研究调查区内土壤的特性、分布与成土因素、人为因素之间的关系，以揭示土壤类型的差异及其自然分布规律。④根据成土条件和土壤特性提出土壤合理利用的途径。
室内整理资料阶段
主要的工作包括：①将野外各种资料和化学分析资料进行整理、归纳和系统化；②根据经整理的资料制订土壤分类系统和制图单元系统；③绘制土壤图和其他有关图件；④编写土壤调查报告和有关图件的说明书等。
调查资料的应用
土壤调查资料（土壤图、调查报告以及其他有关的各种图件或文字说明）可以作为全国性或区域性的综合自然区划、农业区划以及国土整治规划的依据之一,也是农业生产单位(乡、村及农、林、牧场)进行生产规划和制订改土培肥措施的重要根据。某些性的土壤调查，如荒地资源调查、工程土壤调查、低产土壤调查、侵蚀土壤调查、污染土壤调查、自然保护区土壤调查以及军事土壤调查等，其目的性和服务对象更为明确，应用性更强。
土壤资源调查是提高环境变化模拟精度的要求,人类正面临着环境变化和社会可持续发展的挑战，环境的恶化已经对人类造成的影响。采用环境模型来模拟未来环境变化已经成为预测环境变化趋势的重要方法，而详细、准确的土壤信息是些环境模型所需的基本参数。
评估土壤质量：土壤质量是衡量土壤肥力和生态服务功能的重要指标。通过土壤环境调查，可以评估土壤的质量状况，包括土壤的营养元素含量、有机质含量、pH值等，为农业生产和生态保护提供指导。
保护农业生态环境：农业生态环境是农业生产的基础。通过土壤环境调查，可以了解土壤的生态服务功能，包括土壤的水源涵养、气候调节、生物多样性保护等，为保护农业生态环境提供依据。
环境地质调查是通过对区域地质环境条件和由自然地质作用及人类活动引起的环境地质问题的调查研究，评价预测资源开发与国土整治的环境地质条件,论证重大区域性环境地质问题和有关地质灾害的地质环境背景,拟定地质环境保护对策，为区域经济与社会可持续发展、生态环境建设与地质环境保护提供科学依据。
地下水现状调查应遵循如下几个原则：
(1) 以收集现有有效资料为主，在现有资料不足以说明问题时，应补充少量的勘探工作。
(2) 现状调查要紧紧围绕评价大纲规定的内容进行，既不能对内容和深度要求过高，但也不应降低应进行的工作。
(3) ，有针对性地回答所关心的地下水环境问题。
(4) 调查应有足够的质量措施，以调查结果的有效性和可靠性。
水文地质条件调查
主要内容包括：
(1) 气象、水文、土壤和植被状况。
(2) 地层岩性、地质构造、地貌特征与矿产资源。
(3) 包气带岩性、结构、厚度。
(4) 含水层的岩性组成、厚度、渗透系数和富水程度：隔水层的岩性组成、厚度、渗透系数。
(5) 地下水类犁、地下水补给、径流和排泄条件。
(6) 地下水水位、水质、水量、水温。
(7) 泉的成因类型．出露位置、形成条件及泉水流量、水质、水温．开发利用情况。
(8) 集中供水水源地和水源井的分布情况(包括开采层的成井的密度、水井结构、深度以及开采历史)。
(9) 地下水现状监测井的深度、结构以及成井历史、使用功能。
(10) 地下水背景值(或地下水污染对照值)。
采用系统的调查方法，确定地块是否被污染及污染程度和范围的过程。土壤污染状况调查可分为三个阶段：阶段土壤污染状况调查是以资料收集、现场踏勘和人员访谈为主；第二阶段土壤污染状况调查是以采样与分析为主的污染证实阶段；第三阶段土壤污染状况调查以补充采样和测试为主。
土壤污染调查，是指为掌握土壤污染状况而进行的调查活动。通过调查可以掌握土壤、农作物所含污染物的种类、含量水平及其空间分布，可以考察对人体、生物、水体或（和）空气的危害，为强化环境管理、制定防治措施提供科学依据。