医院酸性废水主要来自于检验项目或化学清洗剂。 酸性废水腐蚀排水管道，与金属反应产生氢陵柜员试气，浓度较高时与水接触放热，与盐类接触发生爆炸。 酸性废水引起废水整体pH值的变化，也会引起和促成其他化学物质的变化。 氮化钠等物质在酸性条件下能生成叠氮化钠（NaN3），引起爆炸，且有很强的毒性。 对酸性废水常采用中和处理。以氢氧化钠、石灰作为中和剂，加入酸性废水中通过搅拌达到目的。
医院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，单消毒使其无害化。常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
地埋式一体化医院污水处理设备是以A/O生化工艺为主，集生物降解污水沉降、氧化消毒等工艺于一体，去除BOD5、COD、NH3-N、大肠杆菌菌群等污水处理设备。设备结构紧凑、占地少，全部设置于地下，运行经济，抗冲击浓度能力强，处理，管理维修方便，经用户使用，设备的各项性能均达到相关标准。