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蓝莓苗的根系没有根毛。正因如此，蓝莓根系的吸收能力比具有根毛的根系小得多。其吸收面积只有同样大小具有根毛的小麦根系的1/10。蓝莓的根系细，呈纤维状，细根在分枝前直径为50～75um。
值得注意的是，几乎所有蓝莓的细根都有内生菌根的寄生，从而克服蓝莓根系由于没 有根毛造成的对水分及养分的吸收困难。近年来，众多的研究已，菌根的寄生对蓝莓生长是有益的。
矮丛蓝莓根系的主要部分是根状茎。据估计，矮丛蓝莓大约85%的茎组织为根状茎。不定芽在根状茎上萌发，并形成枝条。根状茎一般为单轴形式，直径3～6。根状茎分枝频繁，在地表下6～25深的土层内形成紧密(穿插)的网状结构。新发生的根状茎一般为粉红色，而老根状茎为暗棕色并且木栓化。矮丛蓝莓的根系分布在上层中的有机质层。

蓝莓苗温度要求：小拱棚内温度适宜范围为15-30℃，白天比较适范围22-25℃，夜间17-20℃。低于13℃或32℃不利于生根。温度过高时，要及时降温，可采取遮荫或喷水降温方式。在根群形成前，植株新叶未萌生。尽量不采取揭膜放风降温，以免植株受到伤害。移苗前5-7 d揭去薄膜，适当炼苗，温度10℃即可，提高移栽成活率。

蓝莓苗繁殖定植沟和定植穴的深度达到45～50厘米，而栽苗的深度显然不会有这么深，挖这么深的沟、穴只是为了改良深层的土壤而已，即定植时对沟、穴中的土壤进行下层填充。若土壤偏黏，在定植沟或定植穴中要掺人泥炭或腐熟的碎树皮、干草、锯屑等，上面盖10厘米左右的土，以避免未腐熟的植物残体和苗木根系直接接触。也可在沟、穴土壤的下层预施少量农家肥或无机复合肥作底肥，并将肥料与土充分混合，上面同样盖一层土。下层施肥有利于根系向纵深发展。