水中的氨氮的含量是养殖水体中主要的检测指标，也是重要环境水体检测指标，氨氮是含氮有机物受微生物作用的分解产品，某些工业废水、养殖水中过多的饲料和鱼、虾等水中生物的排泄物累积都会产大量的氨氮。在无氧的条件下水中的亚硝酸盐也可受微生物作用，还原为氨。
水中氨氮主要以游离氨与铵的形式存在，引起危害的主要是游离氨，并随着水体的碱性的增强而增强。氨氮的毒性随水体的PH值、温度增加而加大，当养殖用水中氨氮含量过高时会当起鱼虾的慢性中毒甚至暴发性死亡。
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