建设项目水资源论证工作程序包括准备阶段、报告书编制与审查阶段，对水资源论证工作等级为，或水源条件较为复杂的，还应包括工作大纲编制阶段。
建设项目水资源论证工作的方法主要是包括资料的收集与分析、现场的查勘、技术的咨询、专题研究、模拟计算等。
建设项目水资源论证应涵盖建设项目的施工期和运行期。对于污水不外排建设项目，可简化项目退水影响论证，论证污水处理及回用的可行性和可靠性。
应对水文资料和地下水动态资料进行可靠性、一致性和代表性分析。当人类活动明显影响资料的一致性时，应进行一致性修正。
对于蓄水、公共供水、引调水等工程建设项目,还应确定规划水平年,其选取主要考虑该类建设项目的供水计划,并与相关规划水平年相协调。
水资源论证工作等级由分类等级中的别确定。分类等级由取水水源.取水影响和退水影响分类中不同分类指标的别分别确定。
水资源论证应以建设项目取用水有直接影响关系的区域为基准，结合流域区域取用水总量控制和水功能区限制纳污管理要求，确定分析范围。
水资源论证的分析范围一般应涵盖取水水源论证范围、取水影响范围和退水影响范围，并考虑到行政区域的完整性，可选择单个或多个县级行政区。
公共供水取水范围图应在行政区划图上标注公共供水工程或企业的位置、供水范围、供水面积、供水管网、重要用水户以及公共供水工程或企业的取水水源等。