有机废弃物，包含人畜粪便、餐余垃圾、污水处理厂的副产品污泥、瓜果蔬菜市场废弃的烂瓜果烂菜叶等等，其年产量是同期工业固体废弃物产量的10倍，量大且集中，如不及时处理将带来严重的环境污染。对有机废弃物进行堆肥化处理(好氧发酵)可以实现废物的资源化利用，因此获得了广泛的应用，人们尝试着开发了众多的好氧发酵反应器，试图提高好氧发酵的效率，降低发酵设备的制造成本和运行成本。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能