自主创新所具有的优点对高技术企业成长具有重要的意义。一是给予自主创新者的技术垄断地位和保护，自主创新在技术方面就具有了较强的壁垒。二是由于跟进者对新技术的解密、消化、模仿需要一定的时间，发展成为较强的竞争者也需要一定的过程，因此，自主创新企业能在一定时期内占某项产品或工艺的核心技术，使自己在竞争中处于有利地位。
高企认证企业的知识产权通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权；专利有效；知识产权权属人为申请企业；多个权属人的申请高新技术企业及高新技术企业资格存续期内，只能由一个权属人在申请时使用；Ⅱ类专利只能使用一次。
在高企申报办理过程中常常涉及到以下费用：
一：知识产权费用
知识产权费用一般包括专利的撰写费和专利的官费：
一般三年以上的企业需要申报15~18个专利，
以实用新型为例，一个撰写费市面上一般在1800元~2500元
的官费有两种情况
1：企业上一年度应纳税所得额超过100万：不享受官费85%的减免政策官费1105元/件
2：企业上一年度应纳税所得额不超过100万：享受官费85%的减免政策，官费170元/件
二：审计费：
认定申请需要有的高企审计机构对企业进行审计
总共五个报告：近三个会计年度的审计报告
两个专项审计报告：高新技术产品专项审计报告和研发费用专项审计报告
这五个报告一般需要25000元左右，具体看企业选择的审计机构而定。
三：技术查新费：
一般三年以上的企业需要做6~8个查新报告，大概费用在6000元左右
四：产品的检验检测报告：
一般企业做两三项检测就够了，需要的第三方检测中心出具的检验检测合格报告。大概费用在9000元左右
五：产学研合作协议
此项企业如有认识的大学院校资源可直接签约，费用根据学校的情况而定。
六：高企代办中介费：
此项如若企业自己申报可忽略，如请的高企代办中介服务费多少不等，收费模式不等，具体参照高企代办机构报价。