对经济特区内生产企业申请自荐进出口经营权试行自动登记制，经济特区的生产企业，注册资本200万元以上，并已投入生产，均可向当地外经贸主管部门申请登记，外经贸主管部门应在15个工作日内对符合条件的生产企业予以登记，即取得出口自产产品和进口生产所需的机械设备、原辅材料的进出口经营权，可按规定到海关、商检、外汇、工商、税务等管理部门办理有关手续。生产企业在申请自营进出口权的过程中，对外经贸主管部门的决定不服，可根据《行政复议条例》向外经贸部申请复议。
对经济特区内除生产企业以外的其他企业申请进出口经营权，试行由外经贸部总量控制，经济特区自行审批的办法。
即：在外经贸部重新核定各经济特区现有具有进出口经营权的企业（以下简称外贸企业）数量的基础上，按照外贸企业总数和一般贸易出口创汇规模挂钩的原则，各经济特区一般贸易出口创汇总额每增加1亿美元或一般贸易年出口创汇增长率每增加5%，可增加1家外贸企业。
各经济特区外经贸主管部门按照外经贸部规定的必要条件和标准，自行审批在经济特区内从事进出口业务的外贸企业，并报外经贸部备案。外经贸部已核准五个经济特区1996年的总量为2013家。
可以直接从事自营进出口业务。
在批准的进出口业务范围内，可以经营该企业或院所自产产品的出口业务，经营该企业或院所生产、科研所需的机械设备、零配件、原辅材料的进口业务。
在从事自营进出口贸易活动中，可以享受与公有制自营进出口生产企业或科研院所相同的待遇。
遵守国家有关对外贸易的方针政策和法律、法规。
接受外经贸主管部门和进出口商会的监督、管理和协调。