蚓粪中富含细菌、放线菌和真菌，这些微生物不仅使复杂物质矿化为植物易于吸收的有效物质，而且还合成一系列有生物活性的物质，如糖、氨基酸、维生素等，这些物质的产生使蚓粪具有许多特殊性质。
通过有益微生物和蚯蚓的生命活动，产生了生长素、细胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促进植物生长，调控植物代谢；还会产生大量多糖。其中的有益微生物还能产生拮抗活性强、抗菌谱广的抗生素，限制病原菌的生长，使植物土传病害得到抑制。
相对于发酵鸡粪和发酵羊粪来说，蚯蚓粪算是比例另类奇葩的肥料了，但是蚯蚓粪却有着“有机肥的称号”，是不是觉得很神奇呢？自然界里各种有机废弃物经过发酵后，在蚯蚓消化系统蛋白酶、脂肪酶纤维酶和淀粉酶的作用下，分解转化而成的，有利于自身或易于其他生物利用的营养物质，经排泄后成为蚯蚓粪。