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地壳中保存的属于古地质年代的动物或植物的遗体、遗物或生物留下的痕迹叫化石。动物化石包括“肉质化石”和“骨质化石”。
《山海经》也有“石鱼”(即鱼化石)的记述;南朝齐梁时期陶弘景有对琥珀中古昆虫的记述;宋朝沈括对螺蚌化石和杜绾对鱼化石的起源,已有了正确认识。迄今,发现早的细菌化石为距今35亿年前的澳大利亚瓦拉翁纳群中的丝状细菌化石。
简单地说,化石就是生活在遥远的过去的生物的遗体或遗迹变成的"石头"。许多都被当时的泥沙掩埋起来。在随后的岁月中,这些生物遗体中的有机物质分解殆尽;同样,那些生物生活时留下的痕迹也可以这样保留下来。我们把这些石化的生物遗体、遗迹就称为化石。从化石中可以看到古代动物、植物的样子,从而可以推断出古代动物、植物的生活情况和生活环境,可以推断出埋藏化石的地层形成的年代和经历的变化,可以看到生物从古到今的变化等等。因为在较老的岩石中的化石通常是原始的较简单的,而在年代较新的岩石中的类似种属的化石就要复杂和。