另一种选配是异质选配，即选择具有不同性状的公母马交配，以期将两个性状结合在一起，从而获得兼有双亲不同优点的后代，或者选择同一性状但优劣程度不同的公母马交配，以良好的性状纠正不良性状，使后代获得较大改进和提高。例如：用、公马与二级、三级母马交配。但不能用凸腰的公马与凹腰的母马交配。
即根据交配双方的亲缘关系进行交配，可分为近交和远交，如亲子、祖孙、叔侄，全同胞间交配叫近交，远堂兄妹之间交配叫远交。近交既能巩固个体的有益性状，也会使近交后代生活力下降，适应性变差，繁殖力降低。因此，慎重地、巧妙地应用。对于马驴的选配，无论采用哪种方法，都要考虑配偶双方的年龄。凡是青年和年龄的个体都要选择壮龄的配偶，而青年或老龄公母之间不能交配。
矮马现在的数量相对来说是比较少的，有些地区的矮马甚至面临着绝迹的危险，这对于矮马的发展是不利的，造成这种情况的原因是多的， 一方面是养殖矮马的场所的减少，上世纪由于机械化大发展，像矮马这样的用于农业生产的马匹的需求量的减少，使得马匹整体的数量在不断的减少，不用说像矮马这种本来数量就不多的马种，随着养马场的增多，矮马的繁殖数量的提高，才逐渐的增多，另一方面都讲究民以食为天，饲料对于矮马来说也是同样要的，矮马的养殖要求是比较高的，需要精心的照料，喂养是如此，矮马通常是以粗料、植物秸秆、青草、猪潲为主食，少补给精料，个体矮马营养中等属正常，有利爬山涉水，有助速力、耐力及弹跳，现在的养马场对于矮马的饲料的控制都是严格的，矮马的饮食不良，就可能导致许多的问题，通常来说矮马的肠道是比较长的，主要是用于矮马对于草料的消化，如果喂食不良可能就会导致马匹的肠道打结，危及到生命，现在的一些养马场对于马匹的喂养都是科学的，有一套自己的营养配方和科学的方法。