HACCP不是一个单运作的系统。在美国的食品安全体系中，HACCP是建立在GMPs和SSOPs基础之上的，并与之构成一个完备的食品安全体系。HACCP更重视食品企业经营活动的各个环节的分析和控制，使之与食品安全相关联。例如从经营活动之初的原料采购、运输到原料产品的储藏，到生产加工与返工和再加工、包装、仓库储放，到后产成品的交货和运输，整个经营过程中的每个环节都要经过物理、化学和生物三个方面的危害分析（Hazard Analysis），并制定关键控制点（Critical Control Points）。危害分析与关键点控制，涉及到的企业生产活动的各个方面，如采购与销售、仓储运输、生产、质量检验等等，为的是在经营活动可能产生的各个环节保障食品的安全。另外HACCP还要求企业有一套召回机制，由企业的管理层组成一个小组，要有相关人员担任总协调员（HACCP Coordinator）对可能的问题产品实施紧急召回，大限度保护消费者的利益。
HACCP是决定产品安全性的基础，食品生产者利用HACCP控制产品的安全性比利用传统的终产品检验法要可靠，实施时也可作为谨慎防御的一部分。HACCP作为控制食源性疾患为有效的措施得到了国际和国内的认可，并被FDA和世界卫生组织食品法典批准。
鉴于HACCP是一个安全控制体系，因此其认证证书有效期通常多为一年，获证企业应在证书有效期内HACCP体系的持续运行，同时接受认证机构至少每半年一次的监督审核。如果获证方在证书有效期内对其以HACCP为基础的食品安全体系进行了重大更改，应通知认证机构，认证机构将视情况增加监督认证频次或安排复审。