国家税务总局于2007年1月1日开始实施的《个体工商户建账管理暂行办法》第12条规定：个体工商户可以聘请经批准从事会计代理记账业务的机构或者具备资质的财会人员代为建账和办理账务。 需要明确指出的是，一个单位是否设置专职会计人员，应该由单位自行决定，但建账则是强制性的要求，是否建账的终核定权归行政主管机关。
财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。 代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账业务收费标准混乱。在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。