一个氨基酸的氨基与另一个氨基酸的羧基可以缩合成肽，形成的酰胺基在蛋白质化学中称为肽键。氨基酸的分子小，蛋白质的大，两个或以上的氨基酸脱水缩合形成若干个肽键从而组成一个肽，多个肽进行多级折叠就组成一个蛋白质分子。
蛋白质有时也被称为“多肽个氨基酸相连为二肽，依此类推还有三肽、四肽……10个以下氨基酸组成的称寡肽（小分子肽），超过十个就是多肽，而超过五十个就被称为蛋白质。大分子蛋白质多是组成氨基酸过100的长肽链。
利用凝胶网状结构， 根据分子大小和形状差异进行分离的一种方法。当样品进入凝胶柱后，较大分子不能通过孔道进入凝胶柱体内， 而与流动相一起流出层析柱，而小分子则渗入凝胶内。它具有分离条件温和，产品收率高，生物活性好，分离面宽等优点，广泛用于多肽物质的分离纯化中。采用凝胶过滤色谱法分离分子量<1 200 da 的小肽。 进行分离收集分子量<1 200 da 的肽段，根据后蛋白含量数据， 分离得到的小肽居多，分离效果较好。通过柱层析分离出的分子量<1 200 da 的肽可以进一步采用液相制备色谱分离以获得更高纯度的肽产品。