畜禽粪便加工商品有机肥需要两个步骤：前期发酵与处理部分和深加工造粒部分。设备配套需要发酵翻抛机、有机肥粉碎机、滚筒筛分机、卧式混合机、圆盘造粒机、回转烘干机、冷却机、筛分机、包膜机、包装机、输送机等设备。 1、发酵翻抛机：原料的高温好氧发酵腐熟。 2、粉碎机：对发酵好的物料粉碎，粉碎的越细，造出来的颗粒更圆润。 3
通过耗氧发酵的原理制成绿色环保、改善土质的生物有机肥。可达到升温、3-5天去臭、灭菌（能杀灭粪便中的虫卵病菌等）、七天成肥，比使用其它机械手段发酵方法速度快，。 未经腐熟发酵的农家肥，直接用到地里会烧苗;畜禽粪便是一种很好的有机肥原料，畜禽粪便加工成有机肥，杜绝了对环境的不利影响，并把粪污变成可利用的肥料资源，一吨能卖在500-1000元左右，同时增加养殖户的收入，可谓是'一举两得'。
养殖畜禽粪便、秸秆发酵过程分为：堆肥、升温、翻抛、无臭、松散、成肥。堆肥时畜禽粪便80%，秸杆20%，粉碎混合。秸秆与粪便的掺入比例可根据粪便含水量而定。一般发酵要求65%的含水量，也就是手捏成团，手指缝见水，但不滴水，松手一解即散。然后添加玉米面或者红糖和菌种，用是增加糖分，供菌种发酵用，使多维复合酶菌很快占优势。