专项审计是审计人员对被审单位特定事项进行的审核、稽查。如： 对企业的审计，只审查企业经济活动，如是否偷税、漏税。现金业务是否符合现金管理规定，某项经营是否合法、有效等等。专项审计如能与资金平衡表审计或详细审计配合，可以收到更好的效果。
专项审计调查的目的是为上级经济决策提供依据，因此作出审计调查结论和提出审计调查建议要在上级有关部门作出决策之前，否则就会错过时机，使审计调查失去了应有的价值。
专项审计调查，应成立专项审计调查组，制定好审计调查方案。按照审计计划，审计机关应根据专项审计调查事项的大小和工作难易程度及要求，指派能足够胜任该项工作的人员，组成调查组，确定调查组组长，实行组长负责制，明确责权。并由调查组组长负责拟定专项审计调查方案报请审计机关批准。在具体实施过程中，依据实际情况的发展变化，需要对专项审计调查方案进行调整，亦应在调整时补办报批程序和手续。专项审计调查方案涉及的主要内容包括调查的目标、范围、内容、程序、时间和人员分工等。