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消毒鲜奶和灭菌奶中蛋白质、乳糖、矿物质等营养成分含量基本上与原料乳相同，仅B族维生素有少量损失，但消毒奶的保存率通常在90%以上，灭菌奶也在60%以上，维生素C损失较大，但因它不属于牛奶中的重要营养物质，故而对奶制品的营养价值影响不大，市售消毒牛奶常强化维生素A和维生素D，使它成为这两种营养素廉价、方便的食物来源之一。

乳类碳水化合物主要为乳糖，牛乳乳糖含量约为3.4%~5.4%。乳糖在肠道中能促进钙、铁、锌等矿物质的吸收，提高其生物利用率；促进肠道乳酸细菌，特别是双歧杆菌的繁殖，改善人体微生态平衡，促进肠细菌合成B族维生素。有些人成年后多年不喝牛乳，体内的乳糖酶活性很低，不能分解乳糖，乳糖在肠道内被肠道微生物分解发酵，产生胀气、腹泻等症状，称为乳糖不耐症。这部分人群可以食用经乳糖酶处理的奶粉，或饮用酸奶。

乳中还有大量的生理活性物质，其中较为重要的有乳铁蛋白、球蛋白、生物活性肽、共轭亚油酸、酪酸、激素、生长因子和多种活性肽类等。生物活性肽是乳蛋白质在消化过程中经蛋白酶水解产生的，包括镇静肽、抗高血压肽、调节肽和抗菌肽。牛乳中乳铁蛋白的含量为20~200ug/mL，具有调节铁代谢、促生长和抗氧化等作用，经蛋白酶水解形成的肽片段具有一定的调节作用。