冷藏集装箱在冷却过程中经常发生故障，造成这种故障的原因很多。例如，冷藏集装箱在运行时设定的温度与人工实测的温度相同，但冷武箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探测器出现故障。虽然还有其他故障原因，但不管是什么原因，都要准备检查和维修。
冷藏集装箱租赁的程租包含单越租用和来往返租用二种方法。在其中单越租用多条航道上去往返一手货源不平衡的状况，即从起运港空运提单单趟应用海运集装箱；来往返租用则一般用以来往返有较均量的航道。
对冷藏集装箱的内部、外部和底部结构进行检查，检查其是否有损坏。如果有损坏，将会影响制冷或保温效果。还要确认冷藏集装箱的箱型。一般保鲜货品的冷藏温度要求在0℃以上。